人民軍醫出版社于1950年10月經中央軍委批準建社，是我國成立最早的中央級大型醫學專業出版社，由解放軍總后勤部主管，總后勤部衛生部主辦。

1950年9月，軍委批準出版全軍性的醫藥衛生方面的專門雜志——《人民軍醫》。軍委衛生部決定以“人民軍醫社”名義公開出版醫學圖書，編輯出版工作由軍委衛生部教育處編譯出版科承辦。黃樹則任教育處處長，魯敏之任編譯出版科科長。1950年5月創刊的軍委衛生部機關報《衛生建設》的編輯出版工作由編譯出版科負責。10月，總司令為《人民軍醫》雜志題寫刊名；同月《人民軍醫》雜志創刊號出版

1953年，軍委衛生部教育處編譯出版科擴編為總后勤部衛生部編譯出版處，黃樹則任處長，魯敏之任副處長；5月，《護士與衛生員》雜志創刊；1954年4月，總后勤部衛生部編譯出版處改編為軍事醫學編譯出版社，楊錫光任社長；1956年，元帥第二次為《人民軍醫》雜志題寫刊名；2月，《衛生建設資料》出版。1957年，軍事醫學編譯出版社改稱人民軍醫出版社；1960年12月，劉民英任人民軍醫出版社社長；1964年1月，總政治部批準出版《解放軍醫學雜志》1964年2月中共中央宣傳部批準出版《解放軍醫學雜志》；1964年，元帥為《解放軍醫學雜志》題寫刊名；1964年5月，《解放軍醫學雜志》創刊號出版；1966年8月，《解放軍醫學雜志》休刊，11月，《人民軍醫》雜志休刊。

1999年3月，中央軍委委員、總后勤部部長王克上將為解放軍衛生音像出版社題詞：“搞好衛生音像服務，促進部隊官兵健康”；2004年12月，中國科技出版委第五期簡報向全國科技出版社轉發我社的建設改革經驗——建設國內一流的醫學出版強社；2006年8月，《中國圖書商報》對全國517家出版社綜合實力進行排序，人民軍醫出版社躋身總排行前50名。

2010年7月，9月13日，總后勤部政委孫大發上將為人民軍醫出版社成立60周年題詞：“開拓創新，服務軍民”。

人民軍醫出版社圖書發行以年均30%的速度高速增長，現年發行碼洋已超過1個億，市場份額在國內醫學出版社中穩居第二，近百種圖書進入全國醫學圖書銷售排行榜，近百種圖書被國外、境外出版商購買版權。