上海科學普及出版社成立于1957年，1958年曾并入上海科學技術出版社。1986年經國家新聞出版署批準復社。現為全國兩家科普出版社之一，1999年被和中國科協評為全國科普工作先進集體。2009年12月按照國家關于文化體制改革的總體部署，經轉企改制成立了上海科學普及出版社有限責任公司。

重點圖書《科學大師》（上下冊）自2004年年初出版以來，引起各方熱烈的反響，受到廣泛的好評。介紹著名的科學家郭申元博士的重點圖書《想象擁抱的世界——郭申元博士的故事》被選入和新聞出版總署向全國青少年推薦的“百種青少年優秀圖書”。“21世紀中國原創科普佳作系列”首批五種已經出版，分別是《圖解現代生態學入門》、《寫給小“葉永烈”》、《科學精神啟示錄》、《生物“芯”時代》、《宇宙文明探索》。該系列由上海市科協主席沈文慶擔任編委會主任，作者有科學家、研究員、專家、教授、著名科普作家擔任，內容注重原創、先進和人文特色，表述兼具通俗和趣味性。上海科學普及出版社出版的“學科故事叢書”曾在市場上暢銷，受到青少年讀者的廣泛歡迎，第二輯已出版了四種，分別為《揭開生命的奧秘》、《走進深海大洋》、《探索昆蟲“語言”》、《話說中國帆船》。

上海科學普及出版社于1986年經國家新聞出版署批準復社。現為全國兩家科普出版社之一，1999年被和中國科協評為全國科普工作先進集體。